Jede Zelle ist durch Membranen von ihrer Umgebung abgegrenzt. Sie regulieren den Stoffaustausch mit der Umwelt und halten das komplexe innere Milieu der Zelle aufrecht. Gleichzeitig teilt auch ein System von Endomembranen das Zellinnere in funktionelle Einheiten, die Kompartimente. Die CD-ROM "Innere Grenzen" gibt einen fundierten Einblick in Aufbau und Funktion dieser wichtigen Zellbausteine.

Bilder und Videos führen in das Thema der CD ein, zahlreiche 3-D-Animationen und interaktive mikroskopische Aufnahmen zeigen anschaulich die Feinstruktur der Biomembranen und die Wege des Stofftransportes zwischen den Kompartimenten. In einem virtuellen Labor können die Nutzer beispielsweise Membranprozesse wie Diffusion und Osmose messen und beobachten oder experimentell beweisen, dass biologische Membranen aus einer Doppelschicht aus Phospholipiden bestehen.

Zwei wichtige, mit Membranen zusammenhängende Funktionseinheiten der Zelle, der Golgi-Apparat (Dictyosomen) und das Endoplasmatische Retikulum, werden in zwei gesonderten Kapiteln vorgestellt. Eine 3-D-Animation zeigt den Aufbau der Dictyosomen sowie ihre Lage innerhalb der Zelle, ein 3-D-Modell vermittelt einen räumlichen Eindruck. Die Proteinsynthese am rauen Endoplasmatischen Retikulum kann anhand von Animationen nachvollzogen werden. Membranen dienen nicht nur dem Stoffaustausch, sondern nehmen auch wichtige Funktionen in der Übertragung von Nervenimpulsen und als Rezeptoren wahr: Ohne sie wäre die Erregungsleitung in Gehirn und Nerven nicht möglich. Die Abläufe an den Membranen der Nervenzellen zeigen mehrere Animationen und Videos.

In einem mehr als 100 Fragen umfassenden Quiz lässt sich das Gelernte spielerisch überprüfen, ein Glossar und Links zu weiterführenden Informationen auf einem begleitenden Internetangebot bieten weitere Möglichkeiten der Vertiefung. Mithilfe der Notizzettelfunktion können die Nutzer sich zu jeder Lerneinheit Anmerkungen aufschreiben und abspeichern. Beim nächsten Aufruf der Einheit werden sie automatisch wieder angezeigt.